Корень (яп. 根 Нэ^?) — секретное подразделение АНБУ Конохи, созданное Данзо и подчинявшееся непосредственно ему, а не Хокаге. Члены Корня (к слову сказать, в отличие от обычного АНБУ, использующие танто вместо катаны) выполняли миссии, которые, по мнению Данзо, приносили Конохе наибольшую пользу, хотя с точки зрения Хокаге могли не являться таковыми. Шиноби этой организации, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должны были показывать никаких чувств и быть безразличным к тому, что происходит вокруг. Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Селения Скрытого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. Кроме того каждый член Корня имел своё собственное кодовое имя и даже не знал оригинального имени своего сотоварища.